Le musée possède de superbes sculptures gréco-romaines datant du Ier au Ve siècle et provenant d’une part de fouilles des versants du Vésuve et d’autre part de la collection privée du cardinal Farnèse. Parmi elles, citons le Doryphore de Polyclète, le groupe des Tyrannicides et leTaureau Farnèse. Réalisée à partir d’un seul bloc de marbre, cette sculpture d’une délicatesse fascinante remonte au IIe siècle avant Jésus-Christ et a été découvert à Rome dans les thermes de Caracalla.
Vous verrez ensuite une collection de camées, dont la pièce majeure est la célèbre Tasse Farnèse (IIe siècle avant Jésus-Christ).
De magnifiques fresques et mosaïques retrouvées dans les vestiges de Pompéi et d’Herculanum sont exposées dans le musée. Les mosaïques illustrent des scènes classiques de la vie des habitants de ces cités. Admirez la mosaïque de la Bataille d’Alexandre. Tout aussi exceptionnelles que les mosaïques, les fresques, au rouge caractéristique de la région de Pompéi, reprennent des thèmes et personnages de la mythologie grecque.
Enfin, le Cabinet secret, longtemps caché au public, renferme des objets et des fresques à caractère érotique. Il se visite en temps normal sur rendez-vous.
Le musée d’une grande richesse présente également à ses visiteurs des armes, des terracottas, des pots et des vases, des ustensiles d’ivoire, des bijoux et des pièces de monnaie.